De la Academia

* Instituto de Energía (IDE)
* Centro de Estudios de Ciencia, Tecnología e innovación (CECTI)
Que nacieron en su seno

* Asociación Boliviana para el Avance de la Ciencia (ABAC)
* Organización Boliviana de Mujeres en Ciencia (OBMC)
* Asociación de Inventores de Bolivia (AIB)
* Museo Nacional de Historia Natural (MNHN)

Las primeras tres se han convertido en el transcurso del tiempo en instituciones privadas cuyas actividades se llevan a cabo de manera independiente de la Academia Nacional de Ciencias de Bolivia, salvo en circunstancias definidas por la firma de convenios para el desarrollo de proyectos determinados.

El Museo Nacional de Historia Natural, por disposición del Supremo Gobierno mediante Ley de la República No. 2389 de 14 de mayo de 2002, pasa a estar bajo tuición de la Universidad Mayor de San Andrés, hecho que fue consumado en el mes de enero de 2007.