En el siglo XIX, En esta apretada síntesis, sólo hemos de referirnos a los pasos primero, a partir de la organización del Estado Independiente, en materia de formación científica, dentro del Sistema Educativo que propuso y llevó a ejecución el Presidente Antonio José de Sucre.

Ese Sistema incluyó la fundación de los Colegios de Ciencias y Letras, en las Capitales de los siete Departamentos, en la primera época de la República. Y lo más importante fue el establecimiento del Instituto Nacional, con la Ley de 9 de enero de 1827, que instruyo también la enseñanza de la Artes y los Oficios, bajo la dirección del que fue maestro del Libertador, Don Simón Rodríguez.

Para el Instituto Nacional fueron señalados los cinco fines siguientes:”trabajar en los progresos de las ciencias y las artes”, difundir en todo el territorio de la República los conocimientos, enseñar las ciencias y las letras, presentar a la Cámara de Senadores los Reglamentos y Reformas del caso, y “cuidar la Biblioteca, Museo Nacional y Jardín Botánico, del laboratorio y los instrumentos físicos y astronómicos del Anfiteatro Anatómico y Observatorio Astronómico, y de cuanto en este orden pertenezca a la Nación”.

El artículo 26 de la Ley dispuso: "El Instituto constará de un Director, dos Vice-Directores, treinta Miembros Numerarios divididos en seis secciones, y un Secretario". Y el Artículo 27: "A la primera Sección pertenecerán los Profesores de poesía, elocuencia e historia; a la segunda, los físicos; a la tercera, los matemáticos; a la cuarta, los químicos minerologístas y botánicos; a la quinta, los médicos y farmacéuticos; a la sexta, los jurisconsultos, los economistas y los políticos".

El artículo 34 mandó que el Instituto “tendrá una imprenta para su servicio, como también una casa con toda la comodidad que exigen sus atenciones”. Sin embargo, el Instituto Nacional tuvo actividad discontinua, pero recibió especial atención e impulso durante las Administraciones del Mariscal Santa Cruz y del General José Ballivián.

El Gobierno del Mariscal Andrés Santa Cruz creó Premios anuales para Inventos y establecimiento de industrias, y designó una Comisión Calificadora de Premios, éstos eran entregados, cada año, en el aniversario de la Independencia Nacional.

En el año 1860, el presidente de la República Dr. José María Linares fundo la primera Academia de Ciencias, en nuestro País. La instaló en la ciudad de La Paz, el día 8 de mayo de ese año. Fue primer Presidente de la Academia el ilustre científico Dr. Agustín Aspiazu, y la finalidad primordial de la Corporación Académica fue la "aplicación práctica de los principios teóricos de las matemáticas y las ciencias naturales".

Aquella Academia estuvo constituida por cuatro Comisiones. A la primera se le encomendó la determinación de las longitudes y las latitudes de los pueblos, la segunda estuvo encargada de determinar la altura de las ciudades, los pueblos más elevados, y la mensura de las principales cumbres nevadas de los Andes Bolivianos, la tercera tenía a su cargo las observaciones de temperatura, y las variaciones del ángulo de declinación de la brújula, en nuestras regiones, y la cuarta Comisión debía trabajar en las observaciones hidrométricas, barométricas, y pluviométricas y los movimientos de astros y constelaciones.

Cien años después, el gobierno del Dr. Victor Paz Estensoro fundó la actual Institución Científica, con el Decreto Supremo de 23 de septiembre de 1960. "Créase dice el Art. 1º .- La Academia Nacional de Ciencias, como institución rectora de la actividad estatal, para fomentar la investigación, dignificar al científico y difundir su obra" Y el Artículo 3º dispuso que la Academia estará integrada por 32 Académicos, con carácter vitalicio: diez en Ciencias Puras, doce en Ciencias de la Naturaleza y diez en Ciencias de la Cultura.

Los primeros 16 Académicos, designados con la Resolución Suprema de 16 de noviembre, fueron:
* Gastón Aráoz (Sociología)
* Asthenio Averanga (Estadística)
* Leonardo Barniza (Paleontología)
* Martín Cardenas (Botánica y Zoología)
* Rubén Carrasca de la Vega (Filosofía)
* Pedro Descotes (Cosmografía)
* Ismael Escobar (Física)
* Edgar Ibarra Grasso (Antropología)
* José de Mesa (Arquitectura histórica)
* Gunnar Mendoza (Historia)
* Jorge Muñoz Reyes (Meneralogía y Geología)
* Carlos Ponce Sanjinez (Arqueología)
* Ovidio Suárez Morales (Biología)
* Carlos Walter Urquidi (Derecho)
* Fernando Wilde (Geografía)
* Magín Zubieta (Matemática)
El primer Presidente de la Academia fue el Ingeniero y Abogado Jorge Muñoz Reyes, y el acto de posesión de todos los Académicos fue realizado en el Palacio de Gobierno de La Paz, el día 19 de diciembre de 1960.