SECUENCIA DEL GENOMA COMPLETO DEL CORONAVIRUS SARS-COV-2
CON FINES DE ESTUDIOS EPIDEMIOLÓGICOS MOLECULARES EN BOLIVIA

Proyecto ganador del Premio Esculapio 2021 Investigación en Salud “Esculapio Plateado”
otorgado por la Academia Boliviana de Medicina


Equipos necesarios para la secuenciación por tecnología de Nanoporos.

El SARS-CoV-2 desde su descubrimiento en diciembre de 2019 en Wuhan, China, ha mutado varias veces evolucionando a algunas variantes de preocupación que han demostrado ser más contagiosas e incluso escapar a la inmunidad natural y generar una menor efectividad de la vacuna.

Se realizó la secuenciación de genomas completos con tecnología de Nanoporos (ONT). El método utilizado fue la secuenciación genómica mediante amplicones SARS-CoV-2 v3 (LoCost), proporcionado por la red internacional ARTIC network con una modificación en la preparación de librerías. Las secuencias fueron verificadas por GISAID y están disponibles en Nextstrain.org.


AVariantes brasilera o Gamma, andina o Lambda y B.1.621 (Mu) determinadas en el país.

Generamos más de 2.9 millones de secuencias que nos permitieron secuenciar 18 genomas de muestras positivas para SARS-CoV-2. La profundidad de secuenciación promedio fue 300 X y la longitud promedio de los genomas obtenidos fue 29527 pb. Así, cubriendo en promedio un 98,7% del genoma de referencia de Wuhan-Hu-1. De los 18 genomas analizados, observamos que 11 de las muestras son de la variante brasilera P1 o 20J (Gamma). Finalmente podemos resaltar que se observó la presencia de la variante andina (Lambda) y recientemente la variante B.1.621 (Mu) en una muestra de la ciudad de La Paz.

El SARS-CoV-2 sigue evolucionando, en Bolivia existe predominancia de la variante brasilera P1 o variante Gamma; sin embargo, debemos resaltar la detección de la variante andina (Mu) que podría ser responsable de un nuevo brote. Se sugiere la continua vigilancia genómica para evitar nuevos brotes que podrían ser impulsado por la aparición de nuevas variantes en el país, por ejemplo con la variante Delta proveniente de India.

Coordinadora: Aneth Vasquez Michel MSc. Laboratorio de Microbiología Molecular, Instituto SELADIS, Universidad Mayor de San Andrés, La Paz, Bolivia Co-Coordinador: Oscar Rollano-Peñaloza PhD. Laboratorio de Genética Molecular, Instituto de Investigaciones Químicas, Universidad Mayor de San Andrés, La Paz, Bolivia Investigadores Adscritos: Lic. Carmen Delgado Barrera, Lic. Sandra Miranda Sardón, MSc. Diana Nina Nina.

Enlace: oscarmiguel_rp@hotmail.com, amvasquez1@umsa.bo (Autores por correspondencia)
Fecha: 25- 10-21